L'estremità della colonna cromatografica entra nel FID e nel sistema di raccolta campioni, rispettivamente, attraverso il separatore. Il flusso del sistema di raccolta campioni è controllato dall'apertura/chiusura di una valvola. La pompa a vuoto è impostata all'altra estremità della valvola. Al momento della raccolta del campione, la valvola è aperta e i componenti del composto sono raccolti da un tubo di assorbimento. Al termine della raccolta, la valvola si chiude automaticamente. Passa alla posizione del tubo di assorbimento successivo.